Se habla de heterocromía cuando los dos iris son de colores diferentes, o cuando los dos iris, o uno solo, tiene cada uno dos colores (marrón y azul, por ejemplo). Entonces, según el caso, se habla de heterocromía completa (heterocromía total) o parcial (heterocromía parcial).
La heterocromía de iris suele 
estar asociada con el gen del albinismo y con el color de la capa en muchas razas. Es por eso que se presenta de forma habitual en los gatos y en los perros de raza Husky siberiano, Collie de la frontera o Bobtail, Dálmata, Gran Danés y Pastor Australiano.
En algunos perros, la heterocromía puede estar ligada a una falta de maduración de los pigmentos.
La hiperpigmentación melánica localizada del iris, a menudo observada en el gato, es llamada nevus. Por otra parte, en el gato y en algunas razas de perros, como el gran danés, se describió un síndrome que asocia la sordera, el pelaje blanco y la heterocromía del iris: el síndrome de Waardenburg, también presente en hurones. Esta afección hereditaria es transmitida según
el modo dominante en el gato.
