La resonancia magnética se empezó a usar en medicina humana en la década de los ochenta y aún hoy se sigue desarrollando. Para la obtención de las imágenes anatómicas se utiliza un escáner con el se hacen planos (sagital, dorsal, transversal y oblicuos) del animal, detectando cualquier lesión presente en el volumen corporal estudiado.
La imagen de resonancia magnética, en adelante MRI, se debe a la obtención de una señal codificada y procesada informáticamente de cada parte de los tejidos del paciente que están colocados en un imán y a los que se les aplican ondas de radio. Dicha señal está basada en las propiedades mecánico-cuánticas de los núcleos atómicos. Las imágenes así obtenidas pueden ser de menos de un milímetro de secuencia.

Es un medio de diagnóstico inocuo para el paciente, para el operador y para el medio ambiente pues emite ondas de radio inofensivas. La única contraindicación en los estudios de MRI es la presencia de objetos metálicos en el cuerpo del animal, como por ejemplo una placa metálica tras una osteosíntesis, lo cual podrían desaconsejar el estudio o delimitar las áreas en estudio.
Al igual que a perros y gatos, también en pequeñas especies se puede utilizar la MRI, al ser una técnica no invasiva se puede usar en aquellos casos en los que es difícil la realización de otras pruebas diagnósticas. La condición es que el paciente esté anestesiado pues si bien en humana no se realiza, pues normalmente nos quedamos quietos cuando nos lo dicen, en los animales esta orden no se suele cumplir y por su bien y para no tener que repetir la prueba se deben anestesiar. En todos los casos los pacientes están monitorizados y con oxigenoterapia durante la realización de la prueba.

La MRI está indicada en el estudio de cualquier órgano o tejido enfermo, estando especialmente indicada en tejidos blandos. Los sistemas típicos de estudio por resonancia son el nervioso (encéfalo, médula espinal y nervios) y el locomotor (músculos, tendones y articulaciones). No obstante ojo, oído, sistema urinario, reproductor, digestivo, endocrino, piel, respiratorio y cardiocirculatorio también son objeto de estudio. Al poder distinguir las lesiones (fácilmente diferenciables de los tejidos sanos) de las estructuras adyacentes y la relación entre ellos ayuda en gran medida al profesional en la toma de decisiones, pues se evalúa la infiltración de la lesión, el grado de la extensión de la inflamación o el grado de malignidad, la antigüedad de la lesión y un largo etcétera.

Un ejemplo de la utilidad de la MRI es la localización de espigas «viajeras» que forman fístulas en la piel de esta forma evitamos tener que hacer una cirugía muy extensa e invasiva. También podemos  determinar el tamaño de las glándulas adrenales de forma más precisa en hurones o detectar problemas de bullas timpánicas en conejos entre otras muchas posibilidades.